Kate, Sayid e Locke continuano il loro viaggio per andare a salvare Jack. Con loro c’è anche Bakunin come prigioniero. Intanto sulla spiaggia Charlie propone un pic-nick a Claire ma i due vengono interrotti da Desmond, dal suo atteggiamento Charlie capisce che ha avuto un’altra visione. Nel frattempo Claire ha un’idea. Catturare uno degli uccelli con la targhetta alla zampa. Questi uccelli sono controllati dagli scienziati, se riescono a inviare un messaggio potrebbero salvarsi. Nella giungla, Bakunin rivela di essere stato portato sull’isola con un sottomarino, inoltre sembra conoscere molto bene i “losties” e proprio mentre sta per rivelare a tutti che Locke era paralizzato la Rousseau trova una serie di piloni. Sulla spiaggia Jin, Sun e Claire cercano di prendere uno degli uccelli con un rete, ma Desmond li fa scappare rovinando il loro piano. Scopriamo poi che i piloni sono un sistema difensivo, ma secondo Bakunin non funzionano da tempo. Allora Locke decide di verificare se ciò che dice Bakunin è vero e lo scaraventa in mezzo ai piloni. Dopo qualche istante cade a terra perdendo sangue dalle orecchie. Per attraversare i piloni Kate propone di scavalcarli. Claire vede Desmond parlare con Charlie. Dopo Desmond se ne va e lei decide di seguirlo. Desmond era andato a prendere uno degli uccelli su uno scoglio, lo stesso scoglio dove aveva visto Charlie morire nella sua visione che poi racconta a Claire. Poi mandano una richiesta d’aiuto su un biglietto. Intanto Locke, Kate e Sayid sono arrivati al villaggio degli Altri. Una volta arrivati vedono Jack, che non sembra affatto prigioniero, anzi si diverte molto giocando a Football con Tom.

I flashback ci mostrano un incidente d’auto che ha mandato in coma la madre di Claire. La zia di Claire l’accusa di essere la responsabile dell’accaduto. Un giorno si presenta all’ospedale un dottore americano che è la stessa persona che sta pagando le spese. E’ Christian Shepard e rivela a Claire di essere suo padre. Prima di tornare in America Christian consiglia a Claire di lasciare morire sua madre perché tenerla in vita solo perché si sente in colpa è sbagliato. Claire rifiuta e Christian torna dalla sua famiglia. Infine vediamo che prima della partenza per Los Angeles Claire va a trovare sua madre ancora in coma e le rivela di essere incinta.